В восьмидесятые годы для мутантов, живущих среди людей, на некоторое время наступило спокойное время. Чарльз Ксавьер, продолживший работу в своей школе для одаренных детей, даже начал считать, что мир стал лучше. Но Рейвен Даркхолм, которую многие знают как Мистик, уверена, что отсутствие войны вовсе не означает, что наступил мир. Она, как и раньше, постоянно ждет какого-либо подвоха со стороны людей. Но на этот раз Рейвен ошиблась. Беда пришла совсем с другой стороны.

Эн Сабах Нур родился в Египте три тысячелетия назад. Его можно назвать самым первым мутантом в истории Земли. Уже тогда он обладал невероятными способностями, благодаря которым его считали божеством многие народы, которым не повезло с ним столкнуться. Из-за своей невероятной силы и ненависти к людям он был божеством смерти, а впоследствии недаром заслужил свое прозвище Апокалипсис. Весь сюжет фильма происходит вокруг данного «божества» и носит его одноименное название. Поэтому Люди Икс: Апокалипсис 2016 понравится любителям историй про Египетские пирамиды и разного рода библейских тайн.

На протяжении тысячелетий Апокалипсис забирал у мутантов их сверхспособности. Спустя века это имя стало означать конец света, и не даром. Ведь Апокалипсис всегда мечтал уничтожить всех людей, оставив в живых только самых сильных и одаренных. У него всегда было четверо преданных последователей. Именно поэтому в Библии упоминается о четверых всадниках Апокалипсиса. Этот мутант практически неуязвим, невероятно силен и способен менять свои размеры, становясь настоящим великаном.

И вот теперь он вновь очнулся от многовекового сна и намерен уничтожить все, что было создано людьми. А на развалинах этого мира создать новый, улучшенный мир для сильнейших. Конечно же, Магнето не мог не привлечь его внимания. Несмотря на все старания Чарльза отговорить Эрика присоединиться к Апокалипсису, разочарованный во всем Магнето становится одним из его последователей. Сам Чарльз вскоре тоже становится жертвой Апокалипсиса, почувствовав ту мощь, которую может предоставить ему старейший в мире мутант.

Теперь вся надежда остается лишь на молодых мутантов из школы Ксавьера. Хэнк Маккой уверен, что объединить их в команду и обучить противостоять Апокалипсису сможет Рейвен. Ведь Мистик всегда готова была выступить против всего мира. Рейвен приходится взять на себя ответственность за молодых и неопытных мутантов и сделать из них команду, которая вскоре станет известна на весь мир – Людей Икс.