3 декабря Алексею Прокопенко было предъявлено обвинение в совершении халатности (ч.1 ст.293 УК РФ), из-за ввода в эксплуатацию двух домов компании «Новострой», которые создают помехи для аэропорта.

6 декабря Олег Грищенко прокомментировал сложившуюся ситуацию:

«К сожалению,  необходимо  признать, что современное  российское законодательство нельзя назвать совершенным, в нем имеются и пробелы, и случаи противоречия одних законов другим. При таких условиях лица, ответственные за применение данных законов, всегда являются  заложниками подобной ситуации. На мой взгляд, Алексей Львович  оказался в настоящий момент именно в такой ситуации. Вопрос выдачи разрешений на строительство урегулирован в первую очередь Градостроительным кодексом, соответствующими регламентами, которыми установлен исчерпывающий перечень документов, предоставляемых в уполномоченный орган. Представил заявитель полный пакет документов – разрешение на строительство должно быть выдано. Более того, оформлением подобных документов занимаются специалисты в области архитектуры и градостроительства, лица и организации, обладающие специальными познаниями и лицензиями, не доверять которым у главы администрации нет никаких оснований. Если гипотетически допустить ситуацию, что в случае  с домами «Новостроя» глава администрации по каким-либо причинам не подписал бы разрешение на строительство, то у застройщика появились бы основания оспаривать его действия в суде и взыскивать убытки за время простоя, что в свою очередь так же вполне могло бы повлечь предъявление претензий к Прокопенко и в уголовно-правовом порядке. Ведь приаэродромная территория не оформлена документально надлежащим образом до сих пор, и все наши обращения в уполномоченные органы пока результатов не принесли.

Несомненно, первичны в данном вопросе права и законные интересы граждан, и именно через эту призму нужно рассматривать складывающуюся ситуацию. Решением проблемы переноса локаторов сейчас вплотную занимается Правительство области и профильные министерства, надеюсь, что выход будет найден. В первую очередь мы обязаны обеспечить безопасность граждан, а затем устанавливать обстоятельства, позволившие  возникнуть всей этой ситуации. А тут, я думаю, у всех, в том числе у прокуратуры, занявшей в интересах граждан принципиальную позицию  в данном деле, есть много вопросов как к представителям застройщика, сумевшим каким-то образом собрать и представить пакет документов с положительными экспертными заключениями, так и к самим лицам,  дававшим такие заключения».

Чуть позже свое мнение высказала Депутат Государственной Думы, Ольга Баталина:

«Было бы неправильно давать оценку предъявленным обвинениям. Но мы вправе рассчитывать на справедливое непредвзятое расследование, в котором будет объективно оценена степень виновности, прежде всего, тех лиц, в профессиональные обязанности которых входит подготовка таких документов и обеспечение их согласования со всеми заинтересованными структурами, прежде чем они попадают на подпись к главе администрации. Алексей Прокопенко — порядочный, ответственный руководитель, который, действительно, сделал очень многое для развития Саратова и его благоустройства».

Член Совета Федерации Михаил Исаев также не остался в стороне и высказался о предъявленном Алексею Прокопенко обвинении:
«Проблемы с застройщиками не являются чем-то исключительным и характерным только для Саратова, аналогичных проблемного и в других городах. Не случайно на федеральном уровне уделяется такое большое внимание совершенствованию законодательства, защищающего права участников долевого строительства. Но в данной ситуации вопрос не только в этом. Саратов столкнулся с тем, что те или иные действия отдельных застройщиков создают проблемы уже не только экономического и правового, но и политического характера.

В сфере управления городом, как никогда, нужны эффективные специалисты, готовые свой профессионализм, трудолюбие, опыт направить на решение острых городских вопросов. Это нелегкая работа, на которую согласится далеко не каждый, и не каждый сможет оправдать возложенные на него горожанами надежды. Глава администрации Алексей Прокопенко всем этим требованиям в полной мере соответствовал. И, я считаю, неправильно ставить ему в вину правовые коллизии и несинхронность норм законодательства.

Считаю, ответственность не должно нести только «конечное звено» и непосредственные исполнители, чтобы не получалось так, что инициаторы каких-то действий, создающих впоследствии проблемы сотням горожан, оставались безнаказанными. Уверен, что надзорные органы также заинтересованы в решениях, направленных, в первую очередь, на благо Саратова и его жителей. В пример могу привести поддержку, оказанную прокуратурой и лично Владимиром Николаевичем Степановым городским властям в борьбе с незаконно размещенными торговыми объектами. А в данной ситуации речь идет также и о безопасности горожан, на защите которой стоят надзорные органы, принципиальная позиция Владимира Николаевича по этому вопросу известна давно».